Vuonna 1756 Kuningas Aadolf Fredrik antoi 18.10. käskyn perustaa saaristolaivasto, ja sen tarpeisiin aloitettiin laivapoikakoulutus. Saaristolaivaston komentajaksi tuli Augustin Ehrensvärd. Myöhemmin vuonna 1779 aloitettiin meriupseerikoulutus Viaporissa, Meriväen koulussa. Vuonna 1919 perustetun Itsenäisen Suomen Kadettikoulun ohessa aloitti toimintansa vuonna 1922 itsenäinen Merikadettiosasto. Merikadettiosasto laajennettiin vuonna 1927 rannikkotykistö- ja laivastolinjat käsittäväksi meripuolustusosastoksi. Nykyisessä muodossaan Merisotakoulu perustettiin maaliskuun 14. päivänä 1930 Kadettikoulun entisestä meripuolustusosastosta, Haminan Reserviupseerikoulun entisestä rannikkotykistölinjasta sekä Meripuolustuksen entisestä Kapitulanttikoulusta. Merisotakoulu toimi alussa hajallaan Katajanokalla ja Länsi-Mustasaarella, kunnes tammikuussa 1936 kaikki osastot pääsivät muuttamaan peruskorjattuun koulurakennukseen, nykyiseen Merisotakoulun päärakennukseen. Sittemmin koulu on laajentunut Pikku-Mustasaarella siten, että nykyään ainoastaan yksi asuinrakennus ei kuulu koululle.